knitr::opts_knit$set(root.dir = '../../../')
library(stringr)
library(ggplot2)
library(dplyr)
## 
## Attaching package: 'dplyr'
## The following objects are masked from 'package:stats':
## 
##     filter, lag
## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     intersect, setdiff, setequal, union

1 Load data

data <- read.table('report/promoter_upstream_downstream_10kb/fetalBrain/intersect.SRX027089.bed.gz', sep = '\t', header = F)

v11.good <- is.na(str_match(data$V14, '[ATGC]'))
v11.strategy1 <- str_match(data$V14, '(.+),.+,.+,.+')
v12.good <- is.na(str_match(data$V15, '[ATGC]'))
v12.strategy1 <- str_match(data$V15, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- v11.strategy1
strategy1[v12.good, ] <- v12.strategy1[v12.good, ]  
# strategy1 <- str_match(data$V12, '(.+),.+,.+,.+')
strategy1 <- strategy1[, 2]
class(strategy1) <- 'numeric'
data <- data.frame(strategy1 = strategy1, centisnp = data$V7, motif = data$V4, position = data$V2, strand = data$V6)
data <- unique(data)
motifs <- unique(data$motif)

2 Include all motifs

ggplot(data) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
    geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red') +
    ggtitle('All motifs')

for (i in motifs){
    data.sub <- data[data$motif == i, ]
    cat('\n')
    cat("#", paste('Motif', i), "\n")
    # cat("\n")
    print(ggplot(data.sub) + geom_point(aes(x = centisnp, y = strategy1)) +
        geom_abline(slope = 1, intercept = 0, color = 'red'))
    # cat("\n")
    cat("\n")
}

3 Motif M00713

4 Motif M00451

5 Motif M01122

6 Motif M00084

7 Motif M01175

8 Motif PBM0087

9 Motif MA0018.2

10 Motif M00338

11 Motif M00041

12 Motif M00778

13 Motif M01259

14 Motif PBM0203

15 Motif M00428

16 Motif M01096

17 Motif M00986

18 Motif M00491

19 Motif M01241

20 Motif M00108

21 Motif M01636

22 Motif M01629

23 Motif PBM0095

24 Motif PBM0126

25 Motif PBM0104

26 Motif PBM0103

27 Motif PBM0132

28 Motif PBM0135

29 Motif PBM0116

30 Motif M01167

31 Motif M01940

32 Motif M01944

33 Motif M00237

34 Motif M00235

35 Motif M01961

36 Motif M01104

37 Motif M00654

38 Motif M01057

39 Motif M01559

40 Motif M01509

41 Motif M01303

42 Motif M01002

43 Motif M00797

44 Motif PBM0121

45 Motif PBM0114

46 Motif PBM0113

47 Motif PBM0107

48 Motif M01182

49 Motif PBM0162

50 Motif PBM0145

51 Motif MA0119.1

52 Motif M01196

53 Motif M00916

54 Motif PBM0023

55 Motif M01550

56 Motif PBM0191

57 Motif PBM0176

58 Motif PBM0054

59 Motif M01512

60 Motif M01648

61 Motif M01843

62 Motif M01613

63 Motif M00466

64 Motif M00976

65 Motif M01220

66 Motif M01617

67 Motif M01924

68 Motif PBM0105

69 Motif PBM0094

70 Motif PBM0130

71 Motif PBM0129

72 Motif PBM0128

73 Motif PBM0119

74 Motif PBM0100

75 Motif PBM0110

76 Motif PBM0101

77 Motif PBM0097

78 Motif M01992

79 Motif M01987

80 Motif M01982

81 Motif M01979

82 Motif M00032

83 Motif M01990

84 Motif M00262

85 Motif M01660

86 Motif M01243

87 Motif M00244

88 Motif M01114

89 Motif M00940

90 Motif M00939

91 Motif M01492

92 Motif PBM0083

93 Motif M01118

94 Motif M00263

95 Motif M01951

96 Motif PBM0077

97 Motif M00049

98 Motif M00920

99 Motif M00516

100 Motif M01820

101 Motif M00917

102 Motif M00113

103 Motif M00017

104 Motif M01933

105 Motif PBM0082

106 Motif PBM0198

107 Motif PBM0181

108 Motif M01577

109 Motif M01962

110 Motif M01513

111 Motif M01544

112 Motif M01251

113 Motif M01634

114 Motif MA0100.1

115 Motif M00345

116 Motif M00649

117 Motif MA0003.1

118 Motif M00470

119 Motif M00469

120 Motif M01635

121 Motif M00698

122 Motif M01649

123 Motif PBM0188

124 Motif M00361

125 Motif M01972

126 Motif M00243

127 Motif M01903

128 Motif M00697

129 Motif M00694

130 Motif M00036

131 Motif M01862

132 Motif M01586

133 Motif M00691

134 Motif M00513

135 Motif M01187

136 Motif M01186

137 Motif M00179

138 Motif M00178

139 Motif M00981

140 Motif M00946

141 Motif M00944

142 Motif M00375

143 Motif M00039

144 Motif M00514

145 Motif M00121

146 Motif M00369

147 Motif M01584

148 Motif M00236

149 Motif MA0093.1

150 Motif M00799

151 Motif M00624

152 Motif M01852

153 Motif MA0024.1

154 Motif M00739

155 Motif M00738

156 Motif M00737

157 Motif M00736

158 Motif M00431

159 Motif M00427

160 Motif M00426

161 Motif M00050

162 Motif M01068

163 Motif M00936

164 Motif M00740

165 Motif PBM0124

166 Motif M01587

167 Motif M01925

168 Motif M00927

169 Motif M00918

170 Motif M00014

171 Motif M00264

172 Motif M00425

173 Motif M00492

174 Motif PBM0172

175 Motif PBM0171

176 Motif M01643

177 Motif M00693

178 Motif M01673

179 Motif M01065

180 Motif M00246

181 Motif M00245

182 Motif PBM0066

183 Motif M00660

184 Motif M01818

185 Motif M00069

186 Motif M00001

187 Motif M01793

188 Motif PBM0013

189 Motif M01558

190 Motif PBM0200

191 Motif M00796

192 Motif M00945

193 Motif M00371

194 Motif M00370

195 Motif M00220

196 Motif M01742

197 Motif M00730

198 Motif M00512

199 Motif M00765

200 Motif M00763

201 Motif M00762

202 Motif M01681

203 Motif M01035

204 Motif M01752

205 Motif M00064

206 Motif MA0138.2

207 Motif M01256

208 Motif M00325

209 Motif M00256

210 Motif M01028

211 Motif MA0139.1

212 Motif M01200

213 Motif M01911

214 Motif M00687

215 Motif M01736

216 Motif M00973

217 Motif M01958

218 Motif M01816

219 Motif M01642

220 Motif M01916

221 Motif M00652

222 Motif MA0007.1

223 Motif M00171

224 Motif MA0117.1

225 Motif M00651

226 Motif M00281

227 Motif M01957

228 Motif M01511

229 Motif M00024

230 Motif M01662

231 Motif PBM0031

232 Motif M01548

233 Motif M00279

234 Motif M01050

235 Motif M00175

236 Motif PBM0081

237 Motif M01571

238 Motif M01298

239 Motif M01302

240 Motif M00788

241 Motif M00443

242 Motif M01909

243 Motif M00193

244 Motif PBM0156

245 Motif PBM0140

246 Motif M01927

247 Motif M01054

248 Motif M00806

249 Motif PBM0079

250 Motif M01960

251 Motif M00303

252 Motif M01111

253 Motif M01815

254 Motif M00993

255 Motif M00210

256 Motif M00280

257 Motif M00626

258 Motif M01938

259 Motif PBM0005

260 Motif M01549

261 Motif M01608

262 Motif M00065

263 Motif M01768

264 Motif MA0091.1

265 Motif M00930

266 Motif M00795

267 Motif M01774

268 Motif M00150

269 Motif M00070